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應用1，低聚果糖不易被人體吸收，熱量值很低，不會導致，可以生產食品、低卡路里食品；低聚果糖甜度低，可生產無糖或低糖食品，深受人們的喜愛。2．低聚果糖具有良好的生理功能，生產的功能性保健食品可降血壓、健腸、改善胃功能。3，低聚果糖具有明顯的抑制淀粉回生的作用，這一特點用于食品時非常突出，利用低聚果糖生產的餅干、烘焙食品色澤美觀、松軟可口、組織均勻、保存性佳，可大大延長存放期。

經過美國食品工藝師協會，應用現代科學研究反復測試得出結論，現代酶法工藝酶化蔗糖生產的低聚果糖的分子結構和保健功能，與天然存在于果蔬植物中的低聚果糖完全相同，是全天然的雙歧因子。云南天元低聚果糖在1998年分別經中科院上海藥物所和北京醫科大學藥學院進行分離后，進行了氫1和碳13核磁振的測定，根據測試所獲譜峰結果證明，其分子結構與日本文獻報道的GF2、GF3、GF4相同

低聚果糖主要有兩大類生產工藝，一種是以蔗糖為原料，利用微生物發酵生產的β-果糖基轉移酶或β-呋喃果糖苷酶轉化而成；另一種是以菊粉為原料，采用酶水解生成。中國、日本和韓國等國家的主流生產方法是第一種方法，以蔗糖為原料，利用黑曲霉、鐮刀霉、日本曲霉等菌種分泌的β-呋喃果糖苷酶和盧-果糖基轉移酶進行酶反應，依次經過濾、凈化、精制和濃縮而得到成品。工業生產上一般采用黑曲霉等產生的果糖轉移酶作用于高濃度（50%-60%）的蔗糖溶液，經過一系列的酶轉移作用而獲得低聚果糖產品。低聚果糖的生產工藝，已從代的液態發酵技術、第二代的固定化細胞催化技術，發展到第三代固定化酶催化生產技術。